Larmet kom till räddningstjänsten klockan 23:50 på onsdagskvällen.
– Byggnaden var övertänd när vi kom till platsen. Vi har fokuserat våra insatser på att se till att branden inte sprider sig till närliggande byggnader, säger Jonas Fröjmark, ledningsbefäl vid Storstockholms brandförsvar.
Det var under natten även stor explosionsrisk, då det fanns gasolflaskor intill byggnaden.
– Vi spärrade av ett stort område ifall det skulle smälla, säger Pär Olsson.
Enligt polisen rör det sig troligtvis om ett blixtnedslag.
– Det mesta tyder på att det är blixten. Vår ledningscentral ligger några minuter ifrån stallet och det åskade precis innan vi fick larmet. Grannar till stallet har också vittnat om detta, säger Pär Olsson, RLC-befäl på polisen i Uppsala.
Under tidiga morgontimmarna var branden under kontroll och avspärrningarna kunde hävas.