16-åringen häktades inledningsvis men överlämnades efter ett par dagar till övervakning i ett så kallat SiS-boende enligt lagen om vård av unga.
De båda händelserna skedde den 21 juli i år. Den 16-åriga pojken ska ha tagit sig in i den ena kvinnans bostad där hon först blivit överfallen och sedan våldtagen. I samband med detta ska kvinnan ha ramlat och skadat ryggen vid överfallet.
Stark bevisning
Målsägande i de aktuella fallen är inte släkt eller bekanta med varandra.
– Förutom muntlig bevisning finns även stark teknisk bevisning i form av dna som binder den tilltalade till gärningen, säger chefsåklagare Daniel Edsbagge i ett pressmeddelande.
Den åtalade nekar till brott.