Enligt juryn är pristagarnas arbete om mänsklig arvsmassa ”revolutionerande” och starkt lovande för behandling av sjukdomar som bland andra cancer och cystisk fibros, rapporterar nyhetsbyrån AP.
Den amerikanska pristagaren leder Doudna-laboratoriet i Berkeley i Kalifornien.
Priset – som tidigare hette Prinsen av Asturiens pris – har delats ut årligen sedan 1981.