Skagius vann på tiden 26.70, drygt fyra tiondelar före tvåan Gulliver Koch från Uddevalla.
Johannes visade god form redan på lördagen då han tog guld på 100 meter bröstsim. Då blev tiden 58.17, vilket är nytt mästerskapsrekord. Även i den här finalen kom Gulliver Koch tvåa.
Skagius resultat innebär att han är klar för kortbane-VM i Kanada.