Sent på måndagskvällens spekulerades det kring att Svetlana Tichanovskaja försvunnit efter att hon utropat sig som segrare i valet.
Senare meddelade oppositionsledaren i ett videoklipp att hon tagit sig till Litauen, eftersom hon upplevt en hotbild kring henne och familjen.
– Jag tog beslutet helt själv. Varken vänner, släkt, stab eller Sergej (make) kunde ha påverkat mitt beslut, säger hon.
Uppmanar anhängare att sluta protestera
Litauens utrikesminister Linas Linkevicius säger till BBC att Tichanovskaja beslutat att lämna hemlandet efter ett sju timmar långt möte med belarusiska myndigheter, som ägt rum efter att hon besökt valkommissionen för att lämna in ett klagomål mot officiella valresultatet.
– Alternativet att lämna landet verkar ha varit det enda rationella, som jag förstår det, säger han.
På tisdagen publicerade videoklipp av den statliga nyhetsbyrån Belta ett videoklipp där Tichanovskaja uppmanar sina anhängare att sluta protestera och ”respektera lagen”, rapporterar AFP.
Kan stanna i Litauen i ett år
I videon läser oppositionsledaren innantill sittandes i en soffa och hennes allierade säger att de tror att klippet är inspelat under press.
– En person som har hotats och vars make sitter i fängelse kan spela in vilken video som helst, säger medarbetaren Maria Kolesnikova.
Utrikesminister Linas Linkevicius säger att Tichanovskaja är i säkerhet i Litauen, där hon har rätt att stanna i upp till ett år.
Enligt valkommissionens preliminära resultat fick Tichanovskaja 9,9 procent av rösterna medan sittande presidenten Aleksandr Lukasjenko fick 80 procent. Valresultatet har dock kraftigt ifrågasatts från omvärlden. Utländska observatörer bedömer att inget val i landet har varit fritt och rättvist sedan mitten av 1990-talet.
Fakta: Oppositionen i Belarus
Oppositionskandidaten Svetlana Tichanovskaja är hustru till bloggaren Sergej Tichanovskij, som planerat att kandidera i presidentvalet men i stället fängslades i maj. Efter det att Sergej gripits beslöt sig hustrun Svetlana att ta hans plats.
Tichanovskaja har två nära allierade – med snarlika historier – i Maria Kolesnikova, kampanjledare för den fängslade oppositionspolitikern Viktor Babaryko, och Veronika Tsepkalo, vars make Valerij Tsepkalos kandidatur diskvalificerades av valmyndigheten.
Vid en valseger hade Tichanovskaja lovat att frige alla politiska fångar och utlysa nyval där alla diskvalificerade kandidater får delta (TT).