Varianten B.1.1.529 har en mycket ovanlig konstellation av mutationer som möjligen kan undvika kroppens immunsvar och därmed göra viruset mer smittsamt.
Sydafrika bekräftar cirka 100 prover av varianten, som även har påträffats i Botswana och Hongkong.
Analyser från diagnoslaboratorier tyder på att varianten sprider sig snabbast i den folkrika provinsen Gauteng. Men den kan förekomma i landets övriga åtta provinser, enligt forskarna.
Storbritannien har beslutat att stoppa flygtrafik från södra Afrika, och EU överväger att fatta samma beslut.