Landets valmyndighet bekräftade i tisdags att Prabowo Subianto besegrats av sittande presidenten Joko Widodo.
Tusentals demonstranter samlades utanför den myndighet som övervakar landets val, i stöd för Subianto.
Demonstrationen fortlöpte fredligt, men när den avslutats vägrade en del att lämna platsen.
Marknadsstånd och bilar sattes i brand och stenar och fyrverkeripjäser kastades mot polisen, som satte in tårgas.