Sammanträdet skulle egentligen ha ägt rum i Moskva, men flyttades med kort varsel till Putins sommarhus i Svartahavspärlan Sotji.
Sist Merkel besökte Sotji skickade den ryske presidenten in sin labrador för att hälsa på henne, något som inte föll i god jord hos den hundrädda tyska förbundskanslern.
Men det minnet har sannolikt hunnit blekna, och Putins val av mötesplats ses av många bedömare som en utsträckt hand. Sedan Rysslands annektering av Krim har Merkel förhållit sig kallsinnig till sin kollega i Kreml, även om de bevarat en regelbunden telefonkontakt.
Moskvaregeringens stöd till den syriske diktatorn Bashar al-Assad har ytterligare försämrat de rysk-tyska relationerna.
Sanktioner, Syrien och Ukraina
På dagordningen står bland annat konflikterna i Syrien och Ukraina. Under den första delen av samtalen, som kommer att fortsätta efter presskonferens på eftermiddagen, talade de båda ledarna om vikten av att intensifiera fredssamtalen i Syrien.
Under presskonferensen fördömde Vladimir Putin också all användning av kemvapen i Syrienkriget.
– Vi fördömer bestämt all användning av kemiska vapen. De skyldiga måste hittas och ställas till svars, sa presidenten.
Det är också troligt att den ryska presidenten kommer att ta upp sanktionerna mot Ryssland under mötet.
Under dagen kommer också den ryska presidenten att tala i telefon med USA:s president Donald Trump.
Ledarna kommer antagligen att diskutera kriget i Syrien, uppger en högt uppsatt person i Trumps stab. Moskva stöttar president Bashar al-Assads regering i Syrien, medan USA stödjer dem som försöker få honom avsatt.