– Jag kan bekräfta att sökandet genomförs i samband med vår utredning av Maddie McCann-fallet, säger åklagare Julia Meyer.
Polisen har avlägsnat delar av en grund från en stuga som tidigare stod på kolonilotten, rapporterar AP.
Fallet McCann har berört människor i hela världen och i början av juni greps en 43-årig man i tyska Braunschweig, misstänkt för att ha mördat henne.
Den misstänkta 43-åringen, som för närvarande avtjänar ett fängelsestraff för narkotikabrott, bodde i trakten kring Algarve i Portugal vid tiden för Madeleine McCanns försvinnande. Mobildata har placerat mannen i närheten av det hotellkomplex där Madeleine McCann bodde med sina föräldrar, skriver Reuters.
Enligt tysk polis har mannen tidigare vid mer än ett tillfälle dömts för sexualbrott mot barn. Han sitter för närvarande nu i tyskt fängelse för övergrepps- och narkotikabrott. Han dömdes i december för att 2005 ha våldtagit en 72-årig amerikanska på samma hotell där McCann två år senare försvann, uppger BBC.
Madeleine McCann försvann från sitt sovrum när hennes föräldrar var på en restaurang i närheten. Sökandet efter henne är ett av de största någonsin i Europa, men utan resultat. Tyska åklagare säger sig vara övertygade om att hon är död.