De flesta som har tvingats fly kommer från städer söder om huvudstaden Juba och har berättat om dödade civila, förstörda hem och sexuellt våld, säger FN:s rådgivare för förebyggande av folkmord, Adama Dieng.
”President Salva Kiir har åtagit sig att få slut på våldet och bringa fred, men vi ser fortfarande pågående sammandrabbningar, och risken att grymheter ska begås är ständigt närvarande”, säger han i ett uttalande.
Mycket svårt läge i Kajo-Keji
Adama Dieng är speciellt oroad över situationen i Kajo-Keji, dit FN:s fredsbevarande styrkor anlände på söndagen för att rapportera om situationen.
Sydsudan blev självständigt från Sudan 2011 och kriget i landet startade i december 2013. Tiotusentals har dödats och över tre miljoner människor har tvingats lämna sina hem.
Det finns en ökande oro över den humanitära krisen i landet där fler än sex miljoner människor – halva landets befolkning – är i akut behov av hjälp. Humanitära organisationer uppskattar att det antalet kommer att stiga med 20 till 30 procent under 2017.