Ali Bongo vann valet med 49,80 procent av rösterna jämfört med oppositionsledaren Jean Pings 48,23 procent, uppger The Guardian. Det innebär att den 57-årige Bongo kommer att leda landet i en andra mandatperiod. Ali Bongos far Omar Bongo styrde landet i 41 år.
EU har samtidigt uppmanat valkommissionen att publicera detaljerade resultat från varje enskild vallokal vid lördagens presidentval. EU vädjar även till parterna att behålla freden i landet.
Jean Ping kräver att rösterna räknas om i provinsen Haut Ogooue, som uppges ha haft ett valdeltagande på 99,98 procent, uppger en talesperson för Ping. Men president Bongo säger att det omdiskuterade valet har genomförts ”fredligt och öppet”.
– Vi har uppnått vår viktigaste seger: att valet genomfördes exemplariskt, säger Bongo enligt AFP.
Protester utbröt
Efter beskedet utbröt protester i Gabons huvudstad Libreville. Människor samlades utanför valkommissionens kontor och försökte storma byggnaden. Militären svarade med chockgranater och tårgas.
Enligt Jean Ping använde säkerhetsstyrkorna även skarp ammunition. Tre personer uppges ha dödats och många skadats, uppger The Guardian.
Parlamentet brinner
Demonstranter har satt eld på Gabons parlamentsbyggnad, berättar vittnen för nyhetsbyrån AFP.
Enligt vittnesuppgifter till Reuters är det en del av parlamentet som brinner.
– Demonstranterna gick in på baksidan och satte eld på nationalförsamlingen. Delar av byggnaden brinner, säger vittnet.
Brandkåren uppges vara på plats och försöker släcka elden.
Många invånare förutspådde protesterna och såg till att hamstra mat tidigt på onsdagen.