Den statliga nyhetsbyrån IRNA rapporterar att operationen kommer att inledas inom det närmaste dygnet.
– Våra kommittéer för brottsbekämpning och säkerhet tillsammans med inrikesministeriet kommer att tömma butiker, gator och vägar. Detta kommer att ske inom de närmaste 24 timmarna, säger generalmajor Mohammad Bagheri till statlig iransk TV.
11 364 människor har smittats och 514 personer har dött i Covid-19 enligt de iranska myndigheterna. Många misstänker att de verkliga dödstalen är betydligt högre eftersom det råder brist på testkit och sjukvårdsplatser.
Spreds via pilgrimer
Den nya åtgärden kommer efter att Irans högste ledare Ayatollah Ali Khamenei beordrat landets armé att leda kampen mot det nya coronaviruset.
– Under de närmaste tio dagarna kommer hela Iran att övervakas via internet, telefon och om det blir nödvändigt också personligen, och de som misstänks vara sjuka kommer att identifieras, säger Bagheri.
Smittans epicentrum är den heliga staden Qom. Därifrån har viruset spridits via pilgrimer både till andra städer i Iran och till andra länder i Mellanöstern. Trots att myndigheterna beordrat en stängning av stadens helgedomar så har beslutet inte följts upp och helgedomarna har hållit öppet för besökare.
New York Times och CNN har de senaste dagarna publicerat satellitbilder som sägs visa hur en massgrav grävts i Qom.
Topprådgivare har avlidit
Flera högt uppsatta politiker, bland dem två vicepresidenter och 23 medlemmar i landets parlament hör till dem som smittats. En nära rådgivare till Irans högste ledare Ayatollah Ali Khamenei har avlidit i Covid -19.
Samtidigt har 70 000 fångar släppts ut från Irans överfulla fängelser den senaste veckan för att fördröja smittspridningen. FN har uppmanat landets ledare att frige samtliga politiska fångar eftersom sjukvårdsresurserna på landets fängelser är begränsade.
Irans sjukvård är sedan tidigare hårt ansträngd på grund av de ekonomiska sanktionerna mot landet, och landet har ansökt om ett nödlån hos den internationella valutafonden för att bekämpa det nya coronaviruset.