Enligt beslutet i den högre instansen ska rättegången ska tas om.
Dagens domstolsbeslut innebär att Mursi inte längre riskerar att bli avrättad. Dock avtjänar han tre längre fängelsestraff.
För närvarande pågår dessutom en rad rättsprocesser mot Mursi, som tillhör Muslimska brödraskapet och valdes till president efter att diktatorn Hosni Mubarak störtades under den så kallade arabiska våren 2011.
I oktober dömdes Mursi till 20 års fängelse i ett annat fall, som hängde samman med dödliga sammanstötningar utanför presidentpalatset under hans tid vid makten.
Vald till president – och störtad
Mursi, den förste demokratiskt valde presidenten i Egypten efter revolutionen 2011, störtades av general Abdel Fattah al-Sisi efter massprotester mot hans styre.
Omedelbart sedan han störtats greps Muhammad Mursi.