– Strider ägde rum i södra Bolivar, och rebeller som hävdade att de tillhörde Farc dödades, säger regeringens huvudförhandlare Humberto de la Calle.
Militären bekräftar rapporter om stridigheter som strider mot det eldupphör som gäller sedan i augusti.
En annan misstänkt rebell, som greps, säger att han och de två som dödades var med i Farc, men enligt militären insisterar lokalbefolkningen på att de tre tillhörde den mindre rebellgruppen ELN, som ofta är inblandad i kidnappning och utpressning.
Regeringen och Farcgerillan meddelade i helgen ett de arbetat fram ett nytt fredsavtal som syftar till att få ett slut på den mer än 50 år långa konflikten i landet, som har dödat över 260 000 människor. Det är nu upp till parlamentet att rösta igenom fredsavtalet.