Mendis uppgav i förra veckan att president Maithripala Sirisena inte gjort tillräckligt för att förhindra terrordåden i landet där över 250 personer dödades på påskdagen. Uttalandet gjordes inför den kommitté som utreder eventuella säkerhetsbrister som kan ha möjliggjort de samordnade bombdåden.
President Sirisena har anklagats för att ha brustit i hanteringen av underrättelserapporter gällande varningar om attacken, men har konsekvent nekat till anklagelserna.
Den islamistiska extremistgruppen National Tawhid Jamaat (NTJ) har pekats ut som ansvarig för attacken.
Presidenten kommer inte att samarbeta med utredningen, uppger myndighetskällor för nyhetsbyrån AFP. Han har även förbjudit polis, militär eller underrättelsepersonal att vittna för kommittén.
Presidentens kansli har inte meddelat någon officiell orsak till avskedandet av Sisira Mendis.