Domen på lördagen är enligt nyhetsbyrån AFP den första slutgiltiga i en rad rättsfall där Mursi anklagas för brott. Fallet bottnade i dödliga sammanstötningar som ägde rum utanför presidentpalatset då han var vid makten.
Alla anklagelser mot Mursi har ännu inte prövats slutgiltigt. Islamisten hotas också av dödsstraff.
Mursi, representant för Muslimska brödraskapet, valdes i allmänna val till president efter det att diktatorn Hosni Mubarak störtades i början av den ”arabiska våren” 2011. Mursi blev sedan själv avsatt av militären i juli 2013.
De tillslag mot militärens politiska motståndare och de rättegångar som har följt betraktas av människorättsorganisationer som en parodi på rättvisa.
Ytterligare åtta personer åtalade fick sina fängelsedomar fastställda på lördagen – i sju fall lika långa straff som Mursis.