Vattentäckten beräknas innehålla fem miljarder kubikmeter, vilket skulle kunna förse norra Namibia med vatten i 400 år.
Den enastående upptäckten gjordes av tyska geologer, och ska nu undersökas närmare.
–Vattnet är av väldigt god kvalitet och är omkring 10 000 år gammalt, säger Martin Quinger, projektledare vid det tyska federala institutet för geovetenskap och naturresurser, BGR.
Vattentäkten ligger mellan 280 och 350 meter under marken.