Branden ska ha startat i någon typ av lagercenral i stadsdelen Rothenburgsort och det fanns enligt polisen risk för att brandröken var giftig.
Strax efter lunchtid meddelade dock brandkåren att man man sänkt hotnivån mot liv och hälsa, men att boende i området bör stanna inomhus med fönstren stängda.
När eldsvådan härjade som värst steg rök och höga lågor upp från ett flertal övertända byggnader, och enligt rapporter ska ett antal mindre explosioner ha hörts.
Enligt Hamburger Morgenpost deltog över 200 brandmän i arbetet med att släcka eldsvådan. Lokal tåg- och busstrafik har gått med begränsad kapacietet och Deutsche Bahn har ställde under några timmar in tågtrafiken mellan Hamburg och Büchen.
140 personer evakuerades, rapporerar Reuters. Polisen och brandkåren uppmanade personer som befann sig utomhus i närområdet att gå inomhus samt stänga fönster och dörrar samt ventilationssystem.