Den förre presidenten landade klockan 18 svensk tid i Mexiko City efter en lång flygresa som dragit ut på tiden, då flera länder vägrat låta planet med Morales passera deras luftrum.
Morales säger att han ska fortsätta som politiker så länge han lever.
– Jag kommer inte att förändras på grund av kuppen, säger Evo Morales enligt nyhetsbyrån Reuters.
Tidigare på tisdagen skrev Morales i ett inlägg på Twitter att han ämnar återvända till Bolivia snart ”med mer kraft och energi”.
Erbjuds asyl i Mexiko
På plats väntade Mexikos vicepresident och utrikesminister. Mexiko beskriver utvecklingen i Bolivia som en statskupp och har därför erbjudit Evo Morales asyl sedan han tvingats bort från makten i söndags.
– Det är en kupp eftersom armén krävde presidentens avgång och det bryter mot landets konstitutionella ordning, har Mexikos utrikesminister Marcelo Ebrard tidigare sagt.
I Bolivia fortsätter gatuprotesterna samtidigt som parlamentet ska träffas för att försöka svära in senatens vice ordförande Jeanine Añez som interimpresident. Morales parti MAS, som har majoritet i parlamentet, motsätter sig att Añez får makten.