Enligt vittnen hördes tre eller fyra explosioner. Ett vittne säger till AP att två självmordsbombare utförde attacken, en av dem inne i moskén och en av dem utanför.
De lokala myndigheterna uppger enligt AP att minst 47 personer dödades och att ytterligare minst 70 personer skadades.
Terrorgruppen Islamiska staten (IS) tar på sig skulden i ett uttalande i den egna nyhetsbyrån Amaq. Den sunnitiska extremistgruppen betraktar shiiamuslimer som avfällingar och har utfört attentat mot troende i flera länder.
– Det är väldigt lätt för en terrororganisation att slå till mot fredliga, bedjande människor, säger Samir Abu Eid, SVT:s Mellanösternkorrespondent.
Andra moskéattentatet på kort tid
Så sent som förra veckan dödades 46 personer under fredagsbönen i en annan shiiamuslimsk moské, i staden Kunduz i norra Afghanistan. IS tog på sig skulden även för detta dåd.
Tidigare, i samband med västländernas kaotiska reträtt från Kabul, dödade IS-krigare över 100 personer i två självmordsdåd vid stadens flygplats.
Den islamistiska talibanrörelsen som tog kontroll över landet i augusti har lovat att skydda den shiitiska minoriteten. Under talibanernas styre på 1990-talet förföljdes shiiterna.
