Det mesta tyder på att kampen om presidentposten står mellan den nu sittande presidenten Ashraf Ghani och regeringschefen Abdullah Abdullah.
Talibaner har genomfört attacker på flera ställen i landet för att störa valet. Det förekommer också anklagelser om fusk och andra oegentligheter.
Staden Kunduz har beskjutits med granater och afgansk militär har stridit mot talibaner på två ställen i stadens utkanter. Det rapporterar AP.
Det fanns redan på förhand en oro för attacker i samband med valet och redan en timme efter att vallokalerna öppnat på lördagsmorgonen inträffade en explosion i närheten av en vallokal i Kandahar i södra Afghanistan. 15 personer uppges vara skadade, enligt nyhetsbyrån AP.
En person död
I staden Jalalabad i östra Afghanistan är läget också oroligt, där både talibanerna och terrorrörelsen IS finns. Där har minst en person dödats och två skadats i en explosion i närheten av en vallokal, skriver AFP.
Närmare tio miljoner afghaner är röstberättigade och tiotusentals soldater har satts in för att skydda de som vill rösta. I huvudstaden Kabul är säkerhetsåtgärder omfattande under valdagen.
– Jag vet att det finns säkerhetshot men bomber och attacker har blivit en del av vår vardag. Jag är inte rädd, vi måste rösta om vi vill få förändring i våra liv, säger 55-årige Mohiuddin, som röstade i en vallokal i Kabul, till nyhetsbyrån AFP.
Stängda vallokaler
På lördagsförmiddagen framkom uppgifter om att många vallokaler hålls stängda.
– Vi skickade material till 4 942 vallokaler, men vi har fått information om att endast 4 041 vallokaler är öppna, säger Hawa Alam Nuristani, chef för valkommissionen IEC, enligt Reuters.
Det preliminära valresultatet är planerat att presenteras den 19 oktober och det slutgiltiga valresultatet den 7 november.