President Daniel Noboa gratulerar SNAI, polisen och de väpnade styrkorna i ett inlägg på X.
De närmare omständigheterna är inte kända. Gisslan uppges ha hållits på minst sju fängelser.
Situationen i landet är fortsatt spänd efter en vecka av omskakande händelser. Först rymde knarkkungen Adolfo Macías från ett säkerhetsfängelse, varefter presidenten utlyste undantagstillstånd i 60 dagar och satte in militären mot gängen.
Ligorna svarade med attentat på flera platser och en grupp stormade till och med en tv-studio i hamnstaden Guayaquil mitt under pågående nyhetssändning.