I augusti tackade Duterte ja till att bli regeringspartiet PDP-Labans kandidat till vicepresidentposten i valet nästa år, men nu backar han från beskedet.
Enligt den filippinska konstitutionen får en president endast sitta under en sex år lång mandatperiod. Kritiker har därför ifrågasatt Dutertes besked att ställa upp som vicepresidentkandidat.
”Jag är inte kvalificerad”
Presidenten meddelade sin avgång på lördagen tillsammans med sin nära medarbetare, senatorn Bong Go, som nu kommer att ställa upp som vicepresidentkandidat i stället.
– Den överväldigande känslan från filippinierna är att jag inte är kvalificerad, och det skulle vara ett brott mot konstitutionen att kringgå lagen, säger Duterte enligt AFP.
– I dag meddelar jag mitt uttåg ur politiken, fortsätter han.
Han nämnde inte något om vem han föredrar ska ta över efter honom. Men många väntar sig att det blir hans dotter, politikern Sara Duterte, som gått starkt i de senaste mätningarna.
Blodigt knarkkrig
Filippinernas president Rodrigo Duterte har tidigare gjort sig känd för kontroversiella uttalanden och sitt krig mot narkotikan som han vill stoppa till varje pris, så pass att han till och med har uppmanat folket att döda narkotikahandlare och knarkare.
Människorättsorganisationer liknar dödandet som rena avrättningar och mer än 6000 personer har dödats i Dutertes krig mot drogerna i landet.