De tre männen greps av polis på måndagen, enligt nyhetsbyrån Reuters under fem husrannsakningar i Belgiens huvudstad Bryssel. Det sa en talesperson för den belgiske åklagaren, utan att gå närmare in på detaljer.
Enligt det belgiska tv-bolaget VRT har två av de misstänkta häktats för mord i terrorsammanhang och deltagande i en terroristgrupps aktiviteter medan den tredje anklagas för vapenbrott.
Abdelsalem Lassoued, en radikaliserad 45-årig tunisisk man, sköt den 16 oktober ihjäl två svenska fotbollsfans och skadade en tredje svårt före en landslagsmatch mellan Sverige och Belgien. Gärningsmannen sköts sedan ihjäl av belgisk polis under insatsen som följde på dådet.
Fyra personer har nu frihetsberövats i samband med den belgiska utredningen. En annan greps för en månad sedan. Polis och åklagare arbetar dock fortfarande efter teorin att Lassoued var ensam gärningsman och inte ingick i något nätverk.
Flera tidigare gripanden har gjorts i Frankrike och Spanien i parallella utredningar med koppling till dådet.