Värst verkar Paraguay ha drabbats, med 130.000 som fått fly undan vattenmassorna. President Horacio Cartes har utlyst katastroftillstånd, för att frigöra motsvarande 30 miljoner kronor i hjälpmedel.
Räddningsinsatser pågår för att undsätta människor vars hem hotas av de stigande vattennivåerna i Paraguayfloden.
Katastrofläge har även utlysts för delar av Argentina och norra Uruguay.
I nordöstra Argentina har minst 10.000 människor evakuerats. Värst drabbad är staden Concordia, med 170.000 invånare, vid Uruguayfloden.
– Det är de värsta översvämningarna på 50 år, säger borgmästare Enrique Crest.
Han tillägger att även om översvämningar var väntade i spåren av väderfenomenet El Niño ”så trodde ingen att de skulle bli så omfattande”.