En kraftig brand rasar på platsen, rapporterar nyhetssajten Delfi. Det ska röra sig om ett två våningar högt bostadshus.
Minst en person har omkommit i kraschen, som inträffade vid 05.30 på måndagsmorgonen.
– Två har förts till sjukhus, en har dödförklarats. Det här är personerna som var på planet, enligt preliminära uppgifter, säger Saulius Raševskis vid räddningstjänsten till LRT.
Räddningstjänsten söker efter den fjärde besättningsmedlemmen.
Tolv fick evakueras från bostadshuset
Det finns inga rapporter om skadade i bostadshuset, som rymmer fyra lägenheter. Tolv personer, utan skador, har evakuerats från huset, enligt polis.
Planet tillhör en entreprenör som flyger för DHL och kom från tyska Leipzig.
Orsaken till olyckan ännu inte klarlagd, uppger DHL Litauen för LRT.