Hittills har det bara funnits en gränsövergång öppen, vilket kraftigt begränsat leveranser av nödvändigt bistånd till det skalvdrabbade landet.
Assad har nu godkänt att övergångarna vid Bab Al-Salam och Al Ra'ee kan öppnas, säger Guterres i ett uttalande efter att FN:s biståndschef Martin Griffiths träffat den syriske presidenten i Damaskus på måndagen.
Beslutet innebär att FN nu kan använda totalt tre gränsövergångar från Turkiet för att nå det nordvästra territoriet.
– Att öppna dessa övergångar – samtidigt som man underlättar för humanitär tillgång, påskyndar visumgodkännanden och underlättar resor mellan knutpunkter – kommer att möjliggöra mer bistånd att levereras snabbare, säger Guterres.
”Brott mot suveränitet”
Den syriska regeringen har motsatt sig leveranserna över gränsen och beskrivit det som ett brott mot landets suveränitet.
SVT:s Turkietkorrespondent Thomas Thorén berättade mer under söndagen om hur inbördeskriget i Syrien påverkat besluten kring bistånd. Se klippet nedan.