Minst 20 personer dödades under oroligheter i samband med protesterna, de flesta under helgen 18-20 oktober och början av den följande veckan.
Fortfarande demonstrerar tusentals personer varje dag, men våldsnivån har sjunkit avsevärt.
I fredags tog utredarna del av ett hundratal vittnesmål om ögonskador, brutna ben och andra allvarliga skador som vållats av polisens gummikulor och tårgasbehållare, rapporterar nyhetsbyrån AP.
Ögonskador
– Vi är säkra på att polisen inte har följt sina egna instruktioner om våldsanvändning, sade Enrique Morales, människorättschef vid läkarorganisationen Colegio Médico.
Enligt Morales har mer än 140 personer behandlats för ögonskador enbart av läkare knutna till Colegio Médico.
Tidigare har Institutet för mänskliga rättigheter (INDH) listat 1 574 personer som förts till sjukhus efter att ha skadats under protesterna, varav flera hundra med skottskador.
Institutet har inlett rättsprocesser mot staten i nära 200 fall, bland dem misstänkta mord och sexuella övergrepp.
Rekordstor protest
Protesterna riktades till en början mot en höjning av avgifterna i kollektivtrafiken, men har senare vidgats till att gälla författningen och den ekonomiska politiken i allmänhet. De flesta har varit fredliga, men plundring och mordbränder har förekommit, vilket regeringen bemötte med undantagstillstånd och militär på gatorna.
Den hittills största omfattningen fick protesterna den 25 oktober när omkring en miljon människor demonstrerade i huvudstaden Santiago – den största manifestationen efter militärdiktaturens fall 1990.
FN-utredningen har initierats av FN:s högkommissarie för mänskliga rättigheter, Michelle Bachelet, som även varit Chiles president. Arbetet ska pågå till den 22 november.