Omkring 500 personer kommer under de närmaste dagarna att lämna fartyget. Myndigheterna säger att det kommer att ta upp till tre dagar, då man väntar på testresultat.
Över 500 passagerare ombord har smittats av sjukdomen och förts till särskilda sjukhus i Japan.
De över 3 000 passagerarna på kryssningsfartyget har suttit i karantän sedan båten anlände till Japan den 5 februari. Viruset upptäcktes efter det att en passagerare som hade klivit av fartyget i Hongkong testades positivt.