Det är ett kontroversiellt drag, eftersom 1500 år gamla Hagia Sofia grundades som en katedral. Under det Osmanska riket omvandlades byggnaden till en moské och 1934 blev den ett museum.
Hagia Sofia är ett Unesco-världsarv. Unesco uppmanade tidigare Turkiet att inte ändra byggnadens status utan diskussion.
Den nya klassificeringen sker på inrådan an Turkiets president Recep Tayyip Erdogan. Det rapporterar BBC.
En symbol för sekularism
Religiöst konservativa i Turkiet har länge begärt att byggnaden åter igen ska bli moské, men en del sekulära oppositionsmedlemmar har motsatt sig förändringen. Och förslaget har väckt kritik från religiösa och politiska ledare över hela världen.
Den moderna Turkiets grundare Mustafa Kemal Ataturk godkände Hagia Sofias status som museum 1934, och sedan dess har byggnaden varit en symbol för sekularism och öppen för alla trosuppfattningar.
”Beslutet 1934 att sluta använda byggnaden som en moské och ge den status som ett museum överensstämde inte med landets lagar” skriver Turkiets högsta förvaltningsdomstol i sitt beslut på fredagen.