Mishal levde länge i exil i Damaskus, där Israel gjorde ett misslyckat försök att mörda honom 1997. Han har aldrig tidigare varit i Gaza. När upproret utbröt i Syrien flyttade Mishal till Qatar och har därefter uttryckt sympati för den syriska oppositionen.
Mishal och andra Hamas-ledare ska de kommande dagarna fira rörelsens 25-årsdag och ”segern” mot Israel i den senaste våldsvågen.
Efter palestiniernas uppgraderade FN-status och Israels aviserade bostadsbyggen på ockuperad mark den senaste veckan, anländer Israels premiärminister Benjamin Netanyahu under onsdagen till Berlin.
Tyskland har uttryckt ”djup oro” över de kontroversiella byggplanerna, och mötet med Angela Merkel kommer sannolikt att handla om den upptrappning av krisen de gett upphov till.
Planerna rör ett område kallat E1. Planerna riskerar att skjuta möjligheten till en palestinsk stat i sank och därmed omöjliggöra en tvåstatslösning för konflikten.
Inför avfärden insisterade Netanyahu på att bosättningarna inte är konfliktens knäckfråga.
– Grunden till konflikten är inte bosättningarna; det är den israeliska statens själva existens och viljan att sopa bort den från jordens yta, sade han i tisdags kväll.