Värst drabbat är Burundi, där landets inrikesminister nu ber sina utvecklingspartner att tillsammans med Burundi ”hjälpa alla människor som drabbats av dessa katastrofer”.
Hundratusentals drabbade
Över 200 000 personer har drabbats mellan september och början av april i år. 19 250 bostäder och 209 klassrum har förstörts.
Samtidigt har 35 personer omkommit i Kenya sedan mitten av mars och över 100 000 personer har drabbats av översvämningar, enligt FN som hänvisar till Röda korsets senaste siffror.
Beror på El Niño
Kenyas meteorologiska myndigheter väntar sig att kulmen av nederbörden kommer den här veckan.
Enligt klimatforskare beror de omfattande översvämningarna på väderfenomenet El Niño.