Uppgörelsen innebär att den tillförordnade regionpresidenten Artur Mas träder åt sidan. Ny regeringsbildare blir i stället Carles Puigdemont.
– I morgon kväll (söndag) är jag ex-president i Generalitat de Catalunya, konstaterar Artur Mas som tidigare sagt att vem som är president inte är huvudfrågan i självständighetsprocessen.
– Att utlysa nyval på måndag hade varit det sämsta alternativet, fortsätter Mas på en presskonferens i Palau de la Generalitat i Barcelona.
Han, som varit självständighetsrörelsens frontfigur, medger att det är ett smärtsamt beslut att inte ställa upp som presidentkandidat för Junts pel Sí.
Ny borgerlig ledare
Carles Puigdemont, tillika en borgerlig politiker och borgmästare i Girona, installeras på söndag som ny regionpresident och blir regeringsbildare.
Katalonien har sedan regionvalet den 27 september varit utan en ordinär regering på grund av de utdragna förhandlingarna mellan Junts pel Sí och CUP.
Beskedet innebär att Kataloniens parlament håller en extra session under söndagen då en installation med förtroendeomröstning måste hinnas med före midnatt om inte nyval med automatik måste utlysas.
Under veckan har pågått stenhårda förhandlingar mellan valalliansen Junts pel Sí (borgerliga CDC ihop med vänsterpartiet ERC) och den vänsterradikala grupperingen CUP.
För att kunna bilda en ny regering måste Junts pel Sí för stöd av minst sex CUP-mandat i parlamentet.
Beskylls för korruption
CUP har krävt att Artur Mas inte blir regeringsbildare. Han anses representera en korruptionskultur och en nedskärningspolitik som CUP inte kan acceptera.
Så sent som på fredagen var beskedet från CDC att Artur Mas inte kommer att bytas ut, men nu har partiet fått vika sig.