Planet ska ha skjutits ned ovanför södra Golan, men kan ha kraschat på den syriska sidan av gränsen. Pilotens tillstånd är i nuläget oklart, rapporterar Reuters.
Militär bekräftade
På tisdagen sa den israeliska militären i ett uttalande att ett syriskt stridsflyg hade befunnit sig två kilometer in över israeliskt territorium.
Militären bekräftade att två missiler hade avfyrats, men det fanns inga uppgifter om huruvida missilerna hade träffat sitt mål.
Den israeliska militären kunde inte bekräfta om planet avsiktligt korsat gränsen.
Det är första gången Israel skjutit ned ett syriskt plan på fyra år.
Syriskt luftrum?
Även syrisk statlig media säger att Israels avsikt var att skjuta ned det syriska stridsflyget, rapporterar Reuters.
Det råder däremot oenigheter kring var planet befann sig. Syrisk statlig media att planet skjutits ned i syriskt luftrum, i södra syrien.
Enligt syrisk militär ska planet ha flugit räder mot IS-militanter.
Golanhöjderna har varit ockuperade av Israel sedan 1967.
Israels premiärminister Netanyahu säger att det nedskjutna planet grovt kränkte ett demilitariseringsavtal från 1974.
Vill inte se eskalering av konflikt
Israel vill inte att konflikten i regionen eskalerar, säger Israels FN-ambassadör Danny Danon.
Den israeliska regeringen säger att de försökte kontakta planet flera gånger utan att få något svar.