Imamura sade på tisdagen att ”det var bra” att tsunamin 2011 drabbade den nordöstra regionen Tohoku i stället för Tokyoområdet.
– Om det hade varit nära huvudstadszonen hade skadorna varit enorma, förklarade Imamura.
En jordbävning i havet i mars 2011 skapade en tsunami mot nordöstra Japan. Över 18 500 människor dödades eller försvann och katastrofen ledde till skador och utsläpp på kärnkraftverket Fukushima.
Efter kommentaren har Imamura och även premiärministern Shinzo Abe bett om ursäkt till människorna i det drabbade området.