– Det är fortfarande många vars säkerhet inte kan garanteras, säger han.
Enligt japanska medier har minst 64 människor mist sina liv. Därtill är det många som har rapporterats saknade. Och det kommer nya varningar om fortsatt oväder.
Regnet har helt utplånat flera byar och förtvivlade människor har tagit sig upp på hustak undan det stigande vattnet i väntan på evakuering.
Över två miljoner människor har blivit rådda att lämna sina hem. Men evakueringen är inte obligatorisk och de som valt att stanna kvar har nu svårt att sätt sig i säkerhet på grund av både höga vattennivåer och jordskred.
Japans regering har inrättat ett katastrofcenter och cirka 54 000 personer från militär, polis och brandkår har skickats till västra delarna av Japan för att bistå i räddningsarbetet.