Bilder från platsen visar ett enormt rökmoln och närmare 300 brandmän arbetar med att släcka branden.
Anläggningen som brinner bedöms vara på cirka 50 000 kvadratmeter och ligger strax utanför Sankt Petersburg, rapporterar den ryska nyhetssajten Meduza.
Företaget Wildberries, Rysslands största e-handelsföretag, uppger att all personal evakuerats från lagret och att ingen person ska ha kommit till skada.
Vad som orsakat branden är inte känt, men enligt uppgifter till den ryska mediekanalen RBC kan branden vara anlagd. De hänvisar till bråk vid anläggningen de senaste dagarna där bland annat säkerhetsstyrkor gjort räder mot anställda.