Attacken inträffade på sträckan mellan de tyska städerna Regensburg och Nürnberg i Bayern tidigt på lördagen.
Ännu finns inga detaljer om motiv eller skadeläge för de drabbade.
En misstänkt gärningsman ska dock ha gripits, enligt den tyska tidningen Bild.
Public service-kanalen Bayerischer Rundfunk uppger att tåget evakuerades på sina runt 200 passagerare i samband med en större polisinsats.