Det Hongkongflaggade fartyget Jin Tian sjönk på onsdagsmorgonen lokal tid. Enligt japanska kustbevakningen bestod besättningen av 22 personer, varav 14 var från Kina och åtta från Myanmar.
Fartyget sjönk ungefär 15 mil söder om den Sydkoreanska ön Jeju.
Hårda vindar
Före olyckan gick myndigheterna ut med varningar om hårda vindar i området.
Ett omfattande räddningsarbete påbörjades där såväl den sydkoreanska som den japanska kustbevakningen deltog. Hittills har fem personer kunnat räddas, medan nio ännu inte har hittats.
Fartyget fraktade timmer och var på väg till staden Incheon i nordvästra Sydkorea när det förliste.