Enligt myndigheter på Malta och i Italien kapade migranterna fraktfartyget efter att ha räddats på Medelhavet. Man ska då ha tvingat besättningen på det Libysk-flaggade fartyget att ändra kurs mot Europa.
Fraktfartyget hade då räddat 120 människor som befann sig i sjönöd.
Både Malta och Italien har meddelat att fartyget inte kommer att få lägga till i deras länder.
Kapningen skedde kort efter att EU fattat beslut att avsluta sin sjöinsats på Medelhavet, det vill säga sätta stopp för de marina enheter som deltar i Operation Sophia.
Fyra män har gripits. Maltesiska specialstyrkor kunde säkra fartyget och föra det i hamn.