Över 1,6 miljoner invånare har evakuerats och ytterligare 3,1 miljoner uppmanas att lämna sina hem.
Japans meteorologiska institut har utfärdat vädervarningar över flera delar av landet och manar till försiktighet. Invånarna varnas för jordskred, stigande vattennivåer i floder och starka vindar i vad man kallar ett historiskt oväder.
Prognosen är att ovädret kommer att hålla i sig över helgen.
– Regnet kommer att fortsätta från väst till öst. Det kan vara bli kraftigaste regnet som någonsin registrerats, säger kabinettssekreteraren Yoshihide Suga.
Se hur ovädret sveper in över Japan i klippet.