Regeringen har lovat fördubbla räddningsmanskapet till 80 000 personer – poliser, brandmän, soldater, kustbevakning och frivilliga.
– Vi har inte satt någon deadline för när operationen ska vara slutförd, men vi måste verkligen skynda på sökningarna eftersom tiden går. Vi kommer inte att ge upp förrän det är slut, sade den lokala tjänstemannen Yutaro Hamasaki i den värst påverkade regionen Kumamoto.
Utflyktsbåtar
Floder som svämmat över har slitit sönder broar och gjort vägar till sjöar. Många orter kan bara nås med helikopter eller båt. Vid turistorter med varma källor tas utflyktsflottar till hjälp för att undsätta nödställda.
Fjorton av de omkomna är rullstolsburna som inte kunnat ta sig upp till nästa våning i den byggnad där de befann sig.
-Vi kunde inte ta oss in på gatuplan, det var helt under vatten. Några lyckades ta sig en trappa upp. Jag har aldrig upplevt något liknande, säger en räddningsarbetare till japansk tv.
Skor flöt omkring
På en skola i Omuta övernattade elever och lärare på övervåningen.
– Skåpen på bottenvåningen sköljdes undan och det flöt omkring skor. Några grät för att de var rädda att inte komma hem och regnet skrämde dem, berättar en elvaårig elev för en lokaltidning.
Myndigheternas maningar att evakuera och söka skydd kompliceras av coronapandemin – man vill undvika trängseln på tillfälliga skyddshärbärgen.
Japan är mitt i den årliga regnperioden. Nederbörden har blivit allt häftigare i takt med att det blivit varmare på senare år.
Ovädret väntas fortsätta
Ovädret har nu fortsatt norrut och under onsdagen varnade den meteorologiska myndigheten JMA prefekturerna Gifu och Nagano, i landets centrala delar, för stora regnmängder.