Mnangagwa fick just över 50 procent av rösterna mot 44,3 procent för oppositionsledaren Nelson Chamisa i det första valet efter diktatorn Robert Mugabes styre.
Men den zimbabwiska oppositionen motsätter sig valresultatet.
– Resultaten som har meddelats har inte verifierats av oss... så resultaten är falska, säger Morgan Komichi, talesperson för oppositionspartiet MDC som meddelar att man kommer att överklaga valresultatet.
”Allt är olagligt”
Komichi fördes sedan bort av polis under den presskonferens där valkommissionen presenterade resultaten efter måndagens presidentval i Zimbabwe.
– Allt med valet är olagligt, sade han senare och vägrade också underteckna dokument som skulle erkänna Mnangagwa som segrare.
Det finns farhågor om att efterspelet skulle kunna mynna ut i oroligheter men under natten har det varit lugnt på Harares gator, rapporterar nyhetsbyrån AP.
Våldsamheter
I onsdags utbröt våldsamheter i huvudstaden Harare. Tre personer dödades då militären öppnade eld mot demonstranter. Antalet döda steg till sex personer, efter att svårt skadade avlidit på sjukhus, meddelade polisens talesperson på torsdagen.
Talespersonen säger också att det spända läget, i synnerhet i huvudstaden Harare, gör att arméns närvaro fortfarande är nödvändig för att upprätthålla säkerheten.
President Emmerson Mnangagwa säger att han vill se en oberoende utredning av dödsskjutningarna.
Det är ett delvis annorlunda tonläge jämfört med hur regeringen uttalade sig på onsdagskvällen, då inrikesminister Obert Mpofu lovade hårdare tag efter oroligheterna.