Bombräderna ska ha genomförts strax efter soluppgången på måndagen, och riktats mot Islamiska statens träningsläger och vapenlager i Libyen.
President Abd al-Fattah al-Sisi har upprepade gånger pekat ut IS som ett allvarligt säkerhetshot mot Egypten. Förutom att IS kunnat etablera en närvaro i det kaotiska grannlandet Libyen bekämpar den egyptiska militären också militanta islamister i Sinaihalvön som är anhängare av Islamiska staten. Hundratals soldater och poliser har dödats av extrema islamister de senaste två åren.
Flygräderna kommer efter att en film på mordet på 21 egyptiska kopter har offentliggjorts via en stödsajt för IS. Kopterna som mördas är iklädda orange fångdräkter liknande dem som USA har använt på fångar i Guantanamolägret på Kuba, där USA har fängslat människor som pekats ut som militanta islamister.
Mördarna i Libyen skär halsen av sina fångar, enligt medier som återger innehållet i videon.
I januari sade sig IS ha kidnappat 21 kopter. Uppgifter om de tillfångatagna kopterna har också förekommit i en nättidning som IS publicerar.