Bland de åtalade i rättegången, som inleds den 23 februari, finns också en annan hög ledare inom brödraskapet, Muhammad Badie.
Mursi och Badie är redan åtalade i flera andra rättegångar, där de riskerar dödsstraff.
De egyptiska myndigheterna har fängslat över 41 000 människor sedan militären tog över makten i landet sommaren 2013. Runt 30 000 av dessa är medlemmar av den religiösa och politiska organisationen Muslimska brödraskapet, enligt organisationen Human Rights Watch.
Brödraskapet har länge varit den största oppositionsgruppen mot den egyptiska regimen och vann stort i det första demokratiska valet i landets moderna historia.