Gruppen förbjuds och all egendom med koppling till Brödraskapet ska tas i beslag.
Redan för några veckor sedan kom domstolsbesked om att den fristående organisation som Brödraskapet registrerade i våras förbjöds.
Det är först de senaste åren som rörelsen överhuvudtaget har kunnat arbeta öppet. I många år fram till den arabiska våren var Brödraskapet underjordiskt.
– Domstolen förbjuder alla aktiviteter av Muslimska brödraskapets organisation, dess fristående organisation, och alla aktiviteter de deltar i och alla grupper som kan hänföras därtill, säger domaren Mohammed al-Sayed enligt Reuters.
Den fristående organisationen, som fritt översatt kallas Muslimska brödraskapets sällskap, har delvis andra ledare än själva Brödraskapet.
Dessutom finns gruppens uttalat politiska gren, Frihets- och rättvise-partiet.
Medier i Kairo beskriver dagens domslut som en eskalering av myndigheternas jakt på Muslimska brödraskapet, vars president Muhammad Mursi störtades av militären i juli.
Domen kan överklagas. Men den kan ge staten en chans att ge sig på Brödraskapets sociala arbete. Liksom i flera andra länder i regionen samlar islamistiska rörelser som Muslimska brödraskapet mycket stöd genom välgörenhet, utbildning och vårdinsatser bland fattiga.