Den misstänkte 27-årige terroristen hade enligt poliskällor fäst en rörbomb vid kroppen. Han tros ha agerat på egen hand, säger borgmästare Bill de Blasio som inte heller kopplar några andra händelser till explosionen.
Den gripne kommer ursprungligen från Bangladesh där han inte är känd av polisen sedan tidigare.
Själv säger mannen i förhör att han valt platsen för explosionen eftersom han där sett affischer med julmotiv, affischer som påmint honom om attacker mot julmarknader i Europa. Dådet var enligt 27-åringen en hämnd för USA:s flygattacker mot IS, skriver The New York Times.
Mitt i rusningen
Detonationen skedde vid tunnelbanestationen som ligger vid bussterminalen Port Authority, USA:s största, bara ett kvarter från turistmagneten Times Square. Mycket folk var i rörelse, eftersom attacken ägde rum strax före klockan sju på måndagsmorgonen.
Ingen ådrog sig livshotande skador i explosionen; 27-åringens skador är dock allvarliga.
Tack vare övervakningskameror finns händelsen på film. Bilderna visar en man som ligger ned i en tunnel som förbinder Times Square med Port Authority.
– Folk flydde i panik uppför trapporna. Alla var skräckslagna och skrek, säger vittnet Diego Fernandez.
På helspänn
Polisen evakuerade snabbt tunnelbanestationen och spärrade av närliggande gator. Staden är på helspänn inför det stundande helgfirandet, som varje år kulminerar på nyårsafton då Times Square fylls med hundratusentals människor.
Enligt president Donald Trump visar bombdådet att det är nödvändigt att kongressen så snart som möjligt antar de lagförslag som begränsar möjligheterna att immigrera till USA.