Den andra omgången stod bara mellan Noboa och González. I den första omgången i augusti fick González 33 procent av rösterna mot 24 för Noboa.
Noboa betecknar sig själv som mitten-vänster på den politiska skalan men utomstående beskriver honom som nyliberal.
Hans far försökte att nå dit sonen nu nått i fem val, utan att lyckas.
– I morgon påbörjar vi arbetet med att återuppbygga ett land som har drabbats svårt av våld, korruption och hat, sade Noboa i ett segertal från sin hemstad Olon.
Fick 52 procent av rösterna
Luisa Gonzáles har erkänt sig besegrad och valmyndigheten har utnämnt Noboa till vinnare. Noboa har, enligt preliminära siffror, fått omkring 52 procent av rösterna mot knappt 48 för González som fick se sig omsprungen jämfört med resultatet i den första omgången i augusti. Då fick hon 33 procent mot 24 för Noboa som dock redan då överraskade med att få ett stöd betydligt högre än förväntat.
Våld som politisk fråga har dominerat valrörelsen och även rent bokstavligt. Precis före den första valomgången mördades en av toppkandidaterna, Fernando Villavicencio, i Quito den 9 augusti.
Han bedrev en oförvägen kampanj mot korruption och organiserad brottslighet, och i valet har så gott som samtliga kandidater lovat bekämpa drogkartellerna.
Både Daniel Noboa och Luisa Gonzáleaz har setts kampanja iförd skottsäker väst.
Noboa betecknar sig själv som mitten-vänster på den politiska skalan men utomstående beskriver honom som mer högerinriktad, med en nyliberal ekonomisk politik.
Noboa är relativt oerfaren som politiker med bara två år som parlamentariker. Eftersom den tidigare presidenten kallade till val i förtid, under en mandatperiod, har Noboa bara ett och ett halvt år, till 2025, på sig att visa att han förtjänar förtroendet han fått.