Barnen skrevs ut från sjukhuset under torsdagen och bor nu på ett hem i Colombia som sköts av landets välfärdsinstitut.
– De har återhämtat sig och mår faktiskt bra, säger institutets föreståndare Astrid Caceres vid en pressträff.
Syskonens mamma omkom i samband med flygkraschen, och myndigheter ska utreda deras familjeförhållanden innan de möjligtvis återvänder till sin pappa.
Se mer om barnen i Amazonas i klippet.