Polischef Tannya Varela säger att skott avlossades inne på fängelset i staden Guayaquil – både mellan fångarna och mot polisen.
Polisen uppger att man har lyckats behålla kontroll över fängelset, med hjälp av elitförband och militären. Handeldvapen, ammunition och mobiltelefoner har tagits i beslag.
Fängelset har kapacitet för 5 300 intagna, men 8 500 personer sitter där just nu.
Det var i tisdags som rivaliserande gäng drabbade samman inne på anstalten. Minst 118 personer dödades och ytterligare 86 skadades. Polisen tog kontroll över fängelsekomplexet på torsdagskvällen efter en massiv säkerhetsinsats som involverade cirka 900 poliser och med soldater och stridsvagnar på plats utanför.
Totalt 237 fångar i Ecuador har dödats hittills i år – att jämföra med totalt 103 år 2020.